Doktorikoolis on kuus valdkondlikku haru, mille kaudu pakutakse õppevaldkonnale kohaseid õpivõimalusi ja asjakohast tuge.
| Doktorikooli valdkondlikud harud | Juhtpartner | Partnerid |
| Matemaatika, arvutiteadus ja informaatika | Tallinna Tehnikaülikool | Tartu Ülikool Tallinna Ülikool |
| Loodusteadused ja põllumajandusteadused | Tartu Ülikool | Tallinna Ülikool Tallinna Tehnikaülikool Eesti Maaülikool |
| Tehnika ja tehnoloogia | Tallinna Tehnikaülikool | Tartu Ülikool Eesti Kunstiakadeemia Eesti Maaülikool |
| Arsti- ja terviseteadused, veterinaaria | Tartu Ülikool | Tallinna Ülikool Tallinna Tehnikaülikool Eesti Maaülikool |
| Sotsiaalteadused | Tartu Ülikool | Tallinna Ülikool Tallinna Tehnikaülikool Estonian Business School |
| Humanitaarteadused ja kunstid | Tallinna Ülikool | Tartu Ülikool Eesti Kunstiakadeemia Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia |
